IRE ha organizzato i propri uffici come segue:

• AREA Amministrazione e Controllo, le cui funzioni sono prevalentemente collocate negli uffici di Genova, in Via XX Settembre, 41.
• AREA Qualità e Procedure, le cui funzioni sono collocate negli uffici di Genova, in Via XX Settembre, 41 per quanto riguarda la centrale di committenza, e negli uffici di Genova in Via San Giorgio, 1 per quanto riguarda le certificazioni ed il service immobiliare
• AREA Infrastrutture, le cui funzioni sono collocate negli uffici di Genova, in Via XX Settembre, 41 per quanto riguarda la sanità e gli interventi speciali, e negli uffici di Genova in Via San Giorgio,1 per quanto riguarda i servizi tecnici e le infrastrutture
• AREA Programmazione, le cui funzioni sono prevalentemente collocate negli uffici di Genova, in Via XX Settembre, 41.
• AREA Energia, le cui funzioni sono prevalentemente collocate negli uffici di Genova, in Via XX Settembre, 41 ed in parte nella sede di Savona.

Si veda anche l'organigramma societario.